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基于混合并行方式的蛋白质热力学分析高效随机模拟方法

发布时间: 2023-01-13

来源: 科技服务团

基本信息

合作方式: 技术服务
成果类型: 发明专利
行业领域:
生物产业
成果介绍
本发明涉及生物信息分析技术领域,提供了一种基于混合并行方式的蛋白质热力学分析高效随机模拟方法,包括:步骤A:确定蛋白质能量模型和能量区间;步骤B:确定所述蛋白质能量区间的分段方式;步骤C:模拟及计算蛋白质系统态密度。采用本发明提供的方法,可以高效地分析和研究蛋白质折叠的整个热力学过程,进而对蛋白质折叠过程进行探索和研究。
成果亮点
一种基于混合并行方式的蛋白质热力学分析高效随机模拟方法,其特征在于,包括:步骤A:确定蛋白质能量模型和能量区间;步骤B:确定所述蛋白质能量区间的分段方式;步骤C:模拟及计算蛋白质系统态密度;所述步骤A进一步包括:采用ECEPP蛋白质能量模型,ECEPP能量力场的表达形式为:EECEPP=EC+ELJ+EHB+ETor其中,是两电荷之间的库伦作用力,rij表示原子i和j之间的距离;是两原子之间的兰纳-琼斯作用力;是氢键作用力;ETor=∑lUl(1±cos(nlξl))是两面角旋转作用力,ξl是第l个两面角;所述步骤A进一步包括:对所使用的蛋白质能量区间进行离散化处理,若取k个能量bin区间值,则对[Emin,Emax]平均划分k个bin区间,用每个bin区间中间的一个能量值代表能量区间值;所述步骤B进一步包括:步骤B1:对能量区间平均分为M段,设相邻子能量区间之间的重合度等于Δ个bin区间,则每一段含有个bin区间
团队介绍
中国科学院深圳先进技术研究院提升了粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力,推动我国自主知识产权新工业的建立,成为国际一流的工业研究院。 深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统,由九个研究平台,国科大深圳先进技术学院,多个特色产业育成基地、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构等组成。开展先进技术研究,促进科技发展。信息、电子、通讯技术研究新材料、新能源技术研究高性能计算、自动化、精密机械研究生物医学与医疗仪器研究相关学历教育、博士后培养与学术交流。
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